さまざまな顕微鏡・エックス線分光装置などにより（走査電子顕微鏡、蛍光エックス線分析装置、回折エックス線分析装置のほか、顕微可視分光装置、分光測色計、偏光顕微鏡・自動カウンター、顕微画像処理装置）、岩石鉱物の化学組成、微細構造観察、鉱物同定が可能で、火山灰などの火山噴出物の分析データの導出・管理をしています。
様々な加熱装置（各種電気炉および高周波炉，熱分析装置）により岩石を加熱・溶融し、地球科学分析室での分析試料の前調整や高温下でのマグマ・火山噴出物の反応実験などを行うための実験室です。工作機械により火山での野外マグマ観測のための準備・装置修理等も行っています。
堆積物の粒度分析（構成粒子のサイズ測定）、岩石試料の粉砕、切断、研磨などの機械・装置がそろっており、さまざまな堆積物の成因解明や岩石試料観察・分析の準備を行う工作室です。各地で採取した岩石試料の保管もしています。
動物飼育室
遺伝子組み換えラット・マウスの継代飼育をするための実験室です。疾患モデル動物を用いた生活習慣病の発症原因の解明と、その予防に関する研究も行っています。
機器分析室
環境分析や生化学実験に必要な分析装置・器具類が設置されています。環境中の有機化合物の分析に使用するガスクロマトグラフ質量分析計や、河川水や地下水中のイオン成分の分析に使用するイオンクロマトグラフなどの分析機器が設置されています。また、分子生物学の実験に欠かせないPCR装置も設置されています。
細胞培養実験室
細胞や微生物を扱う実験を行うために、クリーンベンチ、オートクレーブ、インキュベーターなどが設置されています。右の画像は培養したPC12細胞（ラット副腎髄質褐色細胞）に、NGF（神経成長因子）を添加し、顕微鏡で観察したものです。
